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5月24日，在青海湖國家級自然保護區管理局局址所在地鳥島，由中科院計算機網絡中心、病毒所、遙感所和青海湖保護區管理局共同舉辦“中國科學院青海湖國家級自然保護區聯合科研基地”揭牌儀式，標志著“中科院青海湖聯合科研基地”正式掛牌成立。與此同時，在管理局辦公樓內增設了網絡監控與信息中心、整合動物學室、環境遙感室、野生動物疫源疫病監測室“三室一中心”，與青海湖保護區管理局聯合辦公和開展科學研究工作。

聯合科研基地中國科學院方面參加單位有計算機網絡信息中心、動物所、病毒研究所、微生物研究所等研究所。2005年5月初，青海湖爆發了我國第一例野生鳥類禽流感；同年8月，中科院相關院所初次與青海湖保護區管理局交流溝通，確定“禽流感預警預報系統”為中科院應用示范科研活動信息化(e-Science)的重大科技攻關項目，明確與青海湖保護區進行科研合作；12月，由中科院信息辦與省林業局正式簽署《合作框架協議書》，4個研究所也分別與青海湖保護區管理局簽署了《合作協議》。此后的兩年，一系列在青海湖的科研工作隨之開展。2007年9月14日，中科院秘書長辦公會正式批準在青海湖保護區建立“中國科學院青海湖國家級自然保護區聯合科研基地”，確定了雙方在生態環境、遙感、野生動物、野生動物疾病、野生動物保護、信息技術支撐等學科領域的合作，并在青海湖保護區管理局設置了網絡監控與信息中心、整合動物學室、野生動物疫源疫病監測室、環境遙感室，初步構建了中科院跨學科、跨領域、開放集成的基于e-Science環境的科研平臺。

三年多來，依據中科院的科研技術優勢，青海湖保護區已開展和完成了青海湖科研基礎數據平臺、青海湖夏候鳥生態習性與評價監測、湖區植被樣地調查、生物標本數字化整理與整合、“遷徙的鳥”科普項目、青海湖鳥類遷徙跟蹤研究、普氏原羚種群棲息地調查研究、青海湖湖泊調查研究等一系列科研項目，以科技為支撐，極大地提升了青海湖自然資源和環境保護的科研管理水平。

今年，青海湖保護區管理局與中科院聯合科研項目也已初步確定，將在青海湖保護區信息化基礎設施建設基礎上重點加強信息化應用系統建設、遙感信息、鳥類與禽流感病原生態研究等重大科研項目。

截止目前，“青海湖聯合科研基地”除上述4所外，參加的還有中科院遙感所、湖泊所、寒旱所、技術與物理研究所、地球與環境研究所和西北高原生物研究所，新增了6所為聯合科研基地的科研合作單位。

建立“青海湖科研基地”的戰略意義是出于國家需求、科學問題和合作模式的探究。通過共建聯合研究基地，加強了中科院與青海湖保護區的科研合作，為培養自然保護人才和實現保護區“保護、科研、旅游、社共共管”四位一體發展目標創建了院地合作的新型模式。