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鄱陽湖水生植物有數十種，在保持和凈化鄱陽湖水質、為魚類等水動物提供餌料、為越冬水鳥提供食等方面發揮著重要的作用。其中苦草、黑藻、菱、菹草、莕菜等十余個種類，是鄱陽湖水域的主要水生植物，不僅分布范圍廣，而且生物量大，其中的苦草由于是白鶴等越冬水鳥在鄱陽湖越冬期的主要食物，所以也更受關注。湖區另一種受人關注的水生植物是馬來眼子菜，這種植物是沉水的，但其莖葉往往能延伸至水面，有的長達10余米，不僅生物量大，而且對水質的凈化作用強大，但自1998年特大洪水后這一物種在湖區的分布已大大減少。

進入春季以后由于干旱，大量水生植物分布的湖底缺水暴露在外，水生植物沒有生長所需的環境，直到6月份以后大量的湖底灘地才被水淹沒，6月下旬在對大湖池、沙湖等處進行植物調查時發現苦草、黑藻等已在湖中生長，其中沙湖的苦草已長達1米左右，由于近期水位適宜，大量水生植物生長良好，但植物的花果期普遍推后，以往進入6月份以后大量水生植物已進入開花季節，但今年在湖中沒見到這一現象，仔細觀察，苦草、莕菜、菱等花苞才剛剛出現，到盛花期預計還需近20天的時間。

根據以往的經驗，冬季如果湖底經過暴曬，有利于苦草等水生植物的生長，今年直到春末湖底都暴露在外，雖延遲了苦草等水生植物的生長時間，但生長區域得到了較長時間的暴曬，對苦草的后期生長是有利的，同時今年由于湖內魚類等數量明顯下降，水生動物對水生植物的影響相對要小，有利于苦草的有效生物量積累。